よくある質問(FAQ)|EC・ネットショップ専門の税理士
よくある質問
EC・ネットショップ事業者からよくいただくご質問
Amazon・楽天・Yahoo!ショッピング・Shopify・eBay など、EC事業者の皆さまから多くいただくご質問をまとめました。会計・経理、消費税とインボイス、越境EC、法人化・資金調達まで、実務でつまずきやすい論点を中心に掲載しています。
EC・ネットショップの会計や税務は、実店舗のビジネスとは論点が大きく異なります。複数モールの売上計上、入金と売上のズレ、モール手数料のインボイス、輸出免税や外貨建取引など、一般的な税理士では判断に迷いやすい場面が少なくありません。当事務所によく寄せられるご質問と、その考え方をご紹介します。
サービス・ご依頼について
Q1. どのような事業者が対象ですか?
Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピング・au PAY マーケットなどのモール出店事業者、Shopify・BASE・STORESなどの自社ECサイト運営者、D2Cブランド、卸売と併売されている事業者、eBay・Shopee などを利用した越境EC事業者まで幅広く対応しています。
個人事業主の方から、複数法人でグループ経営をされている事業者まで、事業規模を問わずご相談いただけます。
Q2. 初回相談は無料ですか?
はい。初回のご相談は無料でお受けしています。オンライン面談にも対応していますので、全国どこからでもご相談いただけます。
現在の経理体制やお困りごとをお伺いしたうえで、必要なサポート内容とお見積りをご提示します。その場でご契約を求めることはありません。
Q3. 顧問料はいくらくらいですか?
個人事業の方向けのライト・プランが月額27,500円~、法人向けのスタンダード・プランが月額33,000円~、記帳代行や給与計算代行まで含むアドバンスド・プランが月額55,000円~となっています(いずれも税込)。
売上規模、取引件数、記帳代行の有無、決算・申告の範囲などによって変わりますので、詳しくは料金体系のページをご覧いただくか、お問い合わせください。
Q4. 福岡以外の事業者でも依頼できますか?
はい、全国対応しています。当事務所は福岡市天神に拠点を置いていますが、クラウド会計とオンライン面談を活用し、北海道から沖縄まで全国のEC事業者をご支援しています。
ECはもともとオンラインで完結するビジネスモデルですので、地理的な距離が支障になることはほとんどありません。
Q5. 面談はオンラインのみですか?来所や訪問もできますか?
オンライン面談・ご来所・訪問のいずれにも対応しています。福岡近郊のお客様には対面でのご訪問も可能です。
遠方のお客様は、Zoom等のオンライン面談とチャットツールでのやり取りを組み合わせることで、移動時間をかけずにスムーズにご相談いただけます。詳しくはオンライン顧問サポートをご覧ください。
Q6. 確定申告・決算申告だけのスポット依頼はできますか?
ご相談内容によってはスポットでの対応も可能です。ただし、EC事業は取引件数が多く、期中の処理方針が申告内容に大きく影響するため、顧問契約のうえで期中からご支援するほうが結果的にコストを抑えられるケースが多くあります。
まずは現在の記帳状況をお聞かせください。適切な進め方をご提案します。
Q7. 現在の顧問税理士からの切り替えはできますか?
はい、可能です。期の途中からの引き継ぎにも対応しています。会計データ、過年度の申告書、固定資産台帳などをご提供いただければ、こちらで内容を確認したうえで引き継ぎます。
「ECの仕組みが伝わらない」「モール手数料や輸出取引の処理が不安」といった理由でご相談いただくケースが多くあります。
Q8. これから開業予定・出店準備中でも相談できますか?
もちろんです。むしろ開業前のご相談をおすすめしています。個人で始めるか法人で始めるか、開業初年度の消費税の取扱い、必要な届出、会計ソフトの選定など、最初に決めておくべき事項が多くあります。
特に越境ECを想定される場合は、消費税の課税事業者選択のタイミングが還付の可否に影響します。出店前にご相談ください。
Q9. 副業でネットショップを運営しています。相談できますか?
はい、対応しています。給与所得がある方の副業でも、事業所得または雑所得として確定申告が必要になる場合があります。
規模の拡大に応じて、青色申告への切り替えや法人化の検討が有効になることもありますので、あわせてご相談ください。
Q10. 契約までの流れを教えてください。
(1) お問合せフォームまたはお電話(092-791-1007)でご連絡いただきます。(2) 初回無料相談(オンラインまたはご来所)で現状とご要望をお伺いします。(3) サポート内容とお見積りをご提示します。(4) ご納得いただけましたらご契約、資料をお預かりして支援を開始します。
お急ぎの場合は、決算期や申告期限をお知らせいただければ優先的に日程調整いたします。
Q11. 顧問契約では具体的に何をしてもらえますか?
月次または期中の会計データの確認、試算表の作成・共有、消費税や源泉所得税など各種税務の判定、決算対策のご提案、決算・申告書の作成と提出までが基本的な業務範囲です。日常的な税務・会計のご質問にも随時お答えします。
これに加えて、モール別・商品別の損益分析、資金繰りの確認、法人化や資金調達のご相談など、経営面のご支援も行っています。プランによって記帳代行や給与計算代行までお引き受けします。
Q12. EC以外の事業も行っていますが対応できますか?
はい、対応可能です。実店舗の併営、卸売、製造、サービス業、不動産賃貸など、EC以外の事業をあわせて営まれているお客様も多くいらっしゃいます。
複数事業を営む場合は、事業ごとの損益を区分して把握できる会計処理にしておくことが重要です。事業構成に応じた勘定科目・部門設定をご提案します。
EC特有の会計・経理
Q13. 複数モールに出店しています。売上はどのように記帳すればよいですか?
原則として、モールからの入金額ではなく「顧客への販売額(総額)」を売上として計上し、販売手数料・広告費・配送料などは費用として別建てで処理します。入金額をそのまま売上にしてしまうと、売上高も費用も過少になり、消費税の計算も誤ります。
実務では、モールごとの精算レポートを月次で取得し、売上・手数料・返品・ポイント原資などの内訳に分解して仕訳します。当事務所では、モール別・チャネル別の損益が把握できる形での記帳をご提案しています。
Q14. モールからの入金額と売上金額が一致しません。どう処理しますか?
入金額は、売上高から販売手数料・アフィリエイト費用・広告費・返金・ポイント負担額などを差し引いた「純額」であることがほとんどです。差額を科目ごとに分解し、未収入金(売掛金)残高と突き合わせて管理します。
締め日と入金日のズレによる期ズレも発生しますので、決算月をまたぐ取引は特に注意が必要です。経理サポートサービスでは、この突合作業まで含めて代行しています。
Q15. 記帳代行をお願いする場合、どのような資料を渡せばよいですか?
一般的には、各モールの精算レポート(CSV)、受注管理システムの売上データ、銀行口座とクレジットカードの明細、決済代行会社の入金明細、仕入先の請求書・領収書、在庫データをご用意いただきます。
多くはCSVやクラウド連携でご提供いただけるため、紙の資料をお預かりする必要はほとんどありません。初回にデータの取得方法をご案内します。
Q16. クラウド会計(freee・マネーフォワード)に対応していますか?
はい。freee会計・マネーフォワードクラウド会計のいずれにも対応しており、導入支援から運用設計まで承っています。銀行口座・クレジットカード・決済サービスとのAPI連携、自動仕訳ルールの設定により、入力工数を大きく削減できます。
すでに他の会計ソフトをお使いの場合も、移行の可否を含めてご相談いただけます。
Q17. FBA(フルフィルメント by Amazon)を利用しています。在庫や手数料はどう扱いますか?
FBA倉庫に預けている商品は、販売されるまでは自社の在庫です。決算日時点でFBA倉庫に残っている在庫数量を取得し、棚卸資産として計上する必要があります。
FBA配送代行手数料・在庫保管手数料・長期在庫保管手数料などは、精算レポート上で売上から差し引かれていますので、費用として区分して計上します。返送・廃棄の処理も忘れずに反映します。
Q18. 在庫(棚卸)の管理はどこまで必要ですか?
少なくとも決算日時点の在庫数量と単価を把握し、棚卸資産として計上する必要があります。在庫を計上しないと売上原価が過大となり、所得計算を誤ります。
自社倉庫・FBA倉庫・物流委託先(3PL)・仕入途上の未着品など、保管場所ごとに漏れなく集計することが重要です。取扱SKU数が多い場合は、在庫管理システムからの出力を活用した集計方法をご提案します。
Q19. 送料・梱包資材費・広告費はどの科目で処理しますか?
顧客への発送に係る送料や梱包資材費は販売費として処理するのが一般的です。一方、商品を仕入れる際にかかった引取運賃は、取得価額に含めて売上原価とします。
広告宣伝費は販売費として処理しますが、モール内広告・リスティング広告・インフルエンサー施策などをチャネル別に区分しておくと、広告投資対効果(ROAS)の分析に役立ちます。科目の設定は、税務上の処理だけでなく経営判断にも直結する部分です。
Q20. ポイント・クーポン・セール値引きはどのように処理しますか?
自社が負担する値引き・クーポンは売上値引きとして売上高から控除し、モール側のキャンペーンで自社が原資を負担するポイント費用は販売促進費等として費用計上するのが一般的です。
負担者がモールなのか自社なのか、精算レポートの項目ごとに確認する必要があります。処理を誤ると消費税の課税標準にも影響しますので、初期の段階で整理しておくことをおすすめします。
Q21. 電子帳簿保存法への対応は必要ですか?
必要です。特にEC事業者は、モールの精算書、ネットで受領した請求書・領収書、クレジットカードの利用明細など、電子取引に該当するデータが多くあります。電子取引で授受したデータは、電子データのまま保存することが原則となっています。
日付・金額・取引先で検索できる状態にしておくなどの要件がありますので、クラウド会計やストレージを活用した保存フローの構築をご支援します。
消費税・インボイス
Q22. インボイス制度への登録は必要ですか?
販売先が事業者(BtoB)か消費者(BtoC)かによって判断が分かれます。法人や個人事業主への販売、卸売の比率が高い場合は、取引先が仕入税額控除を受けられるようインボイス発行事業者への登録が求められる傾向にあります。
一方、一般消費者向けの販売が中心であれば、登録の必要性は相対的に低くなります。売上構成と納税負担の増加額を試算したうえで判断されることをおすすめします。
Q23. 免税事業者のままでも問題ありませんか?
BtoC中心の事業であれば、免税事業者を継続する選択も十分にあり得ます。ただし、登録しない場合、事業者である取引先が仕入税額控除を受けられないため、取引条件の見直しを求められる可能性があります。
また、輸出売上が多い事業者は、免税事業者のままだと消費税の還付を受けられません。ご自身の販売チャネル構成に応じた判断が必要です。
Q24. 2割特例は使えますか?
インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった方は、令和8年9月30日までの日が属する各課税期間について、売上に係る消費税額の2割を納付税額とする特例(2割特例)を選択できます。
個人事業者の場合は令和8年分が最後の適用年となります。適用が終わった後は、本則課税か簡易課税かの選択が改めて重要になりますので、早めのシミュレーションをおすすめします。
Q25. 簡易課税と本則課税はどちらが有利ですか?
一概には言えません。仕入や外注が多い事業、設備投資を予定している事業、輸出免税売上がある事業は本則課税が有利になりやすく、逆に仕入が少なく利益率が高い事業では簡易課税が有利になる場合があります。
簡易課税は基準期間の課税売上高が5,000万円以下であることなどの要件があり、適用を受けるには原則として課税期間の開始前までに届出が必要です。届出の期限を逃すと1年間選択できなくなるため、事前の検討が欠かせません。
Q26. モール手数料や広告費のインボイスはどこで受け取れますか?
各モールやプラットフォームの管理画面から、インボイス(適格請求書)に対応した請求書・支払明細をダウンロードできるようになっているのが一般的です。取得したデータは電子データのまま保存します。
なお、海外事業者へ支払う手数料は、国外事業者からの役務提供にあたるものもあり、国内取引とは取扱いが異なる場合があります。仕入税額控除の可否を誤ると納税額に直接影響しますので、明細ごとの確認が重要です。
Q27. 免税事業者からの仕入れについて、経過措置は今どうなっていますか?
免税事業者等からの課税仕入れについては、令和8年9月30日までは仕入税額相当額の80%、令和8年10月1日から令和11年9月30日までは50%を控除できる経過措置が設けられています。その後は控除できなくなります。
個人からの中古品仕入れなど、免税事業者からの仕入れが多い事業者は、控除割合の引き下げによる負担増を織り込んだ資金繰り計画が必要です。
越境EC・輸出
Q28. 輸出売上に消費税はかかりますか。還付は受けられますか?
一定の要件を満たす輸出取引は、消費税が免除されます(輸出免税)。売上に消費税が課されない一方で、国内で支払った仕入や経費に含まれる消費税は仕入税額控除の対象となるため、結果として消費税の還付を受けられる場合があります。
ただし、還付を受けるには課税事業者であり、かつ本則課税を適用していることが前提です。免税事業者や簡易課税を選択している場合は還付を受けられませんので、事業計画に応じた事前の届出が重要になります。詳しくは越境EC顧問サポートをご覧ください。
Q29. 輸出免税の適用にはどのような書類が必要ですか?
輸出免税の適用を受けるには、輸出の事実を証明する書類を保存する必要があります。通関を伴う輸出では税関が発行する輸出許可通知書、郵便物として輸出する場合は日本郵便等が発行する引受を証する書類や発送伝票の控えなどが該当します。
金額区分によって保存すべき書類が異なるほか、帳簿への記載も求められます。書類の保存に不備があると免税の適用が否認され、還付どころか追加納税となるおそれがありますので、輸出開始前に保存フローを整えておくことをおすすめします。
Q30. eBay・Shopify・Shopee・Amazon海外セラーにも対応していますか?
はい。eBay、Shopify、Shopee、Amazonグローバルセリング、海外向け自社ECサイトなど、主要なプラットフォームを利用した越境ECに対応しています。各サービスのレポート形式や手数料体系を踏まえた記帳・分析を行います。
輸出代行業者やクーリエ(DHL・FedEx等)を利用されているケースにも対応しています。
Q31. 外貨建ての売上や入金はどのように記帳しますか?
外貨建取引は、原則として取引が発生した日の為替レートで円換算して計上します。継続適用を前提に、一定期間の平均レートなど合理的な方法を用いることも認められています。
期末に残っている外貨建債権債務や外貨預金については換算替えが必要となり、為替差損益が発生します。PayPal・Payoneer・Wise などの外貨残高も対象になりますので、口座ごとの残高管理が欠かせません。
Q32. 海外のVAT・GSTについても相談できますか?
販売先の国によっては、現地の付加価値税(VAT・GST)や売上税の登録・申告義務が生じる場合があります。当事務所では、日本の会計・税務を軸としながら、必要に応じて現地の専門家や提携先と連携して対応方針を整理します。
なお、外国の税法に基づく申告そのものは現地の有資格者が行うことになりますので、体制づくりのご相談としてお受けしています。
法人化・資金調達・その他
Q33. 法人化のタイミングの目安はありますか?
所得水準だけで一律に判断することはできませんが、事業所得が安定して数百万円を超えてきた段階や、大きな仕入・設備投資を予定している段階が検討の目安になります。取引先から法人格を求められる、融資枠を広げたい、といった事業上の理由で法人化される方も多くいらっしゃいます。
消費税の課税・免税の判定にも影響しますので、時期の選択は税負担に直結します。法人化サポートでは、シミュレーションのうえで最適な時期をご提案します。
Q34. 法人化のメリット・デメリットを教えてください。
メリットとしては、役員報酬による所得分散、給与所得控除の活用、欠損金の繰越期間が長いこと、社会的信用力の向上、決算期を自由に設定できることなどが挙げられます。
一方で、社会保険への加入義務、赤字でも発生する法人住民税の均等割、設立費用や記帳・申告事務の負担増といったコストも生じます。数字を並べて比較したうえで判断することが重要です。
Q35. 銀行融資や日本政策金融公庫からの資金調達も相談できますか?
はい。事業計画・資金繰り表の作成支援、金融機関への説明資料の準備、面談に向けた準備までご支援しています。EC事業は在庫仕入や広告投資が先行するため、成長期ほど運転資金の設計が重要になります。
当事務所は認定経営革新等支援機関として登録しており、制度融資の活用についてもご相談いただけます。なお、融資の可否や条件は金融機関の審査によって決まりますので、結果をお約束するものではありません。
Q36. 補助金・助成金の相談はできますか?
ECサイトの構築、システム導入、販路開拓、越境EC展開などに活用できる補助金について、対象となりうる制度のご紹介と活用のご相談を承っています。
公募要領や採択率は年度ごとに変わり、募集期間も限られています。設備投資やサイト構築の予定が固まった段階で早めにご相談ください。
Q37. 税務調査の対応もお願いできますか?
はい。顧問契約をいただいているお客様については、税務調査の事前準備から立会い、調査官との折衝、修正が必要な場合の対応までサポートします。
EC事業では、期末の売上計上時期、在庫の網羅性、輸出免税の証明書類、外注費の区分などが確認されやすい論点です。日頃から証憑と処理方針を整えておくことが、最も有効な備えになります。
※ 本ページの内容は一般的な情報提供を目的としたものであり、令和8年8月時点の法令等に基づいています。個別の事案については取引の実態や適用要件によって取扱いが異なります。実際のご判断にあたっては、必ず個別にご相談ください。
EC・ネットショップの会計・税務は、専門の税理士へ
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